Ugyanis denevérekkel védekezik a könyvtár a kártevők ellen. A Portugália egyik legszebb épületének számító Mafra-palota könyvtárában nem az ott őrzött kötetek számítanak az egyetlen kuriózumnak. Az 1755-ben épült Mafra-palota rokokó könyvtára legalább olyan nagyszabású, mint a melki apátságé. A második emelet hátsó traktusában található könyvtár 88 méter hosszú, 9,5 méter széles és 13 méter magas, Manuel Caetano de Sousa építtette. A padlót rózsaszín, szürke és fehér márvány borítja. A fából készült rokokó könyvespolcok két sorban futnak a fal mellett, egy fakorlátú erkély választja el őket. 36 ezer bőrkötésű kötet sorakozik rajtuk a nyugati tudás legjavával a 14 századtól a 19 századig. Köztük igazi ritkaságok, például ősnyomtatványok is. A helyi könyvkötő-műhelyben készítették őket rocaille stílusban.
Ezekre a régi ritkaságokra különösen nagy veszélyt jelentenek a kártevők: rovarok, azoknak a könyvekben élő lárvái vagy a molyok. Más intézmények etilén-oxiddal, metil-bromiddal vagy gamma-sugarakkal küzdenek a probléma ellen. A Mafra-palota könyvtárában ezzel szemben egy természetes megoldást választanak: alig három centiméteres denevérek cirkálnak a könyvtárban éjjelente.
Nappal a denevérkolónia a polcok háta mögött vagy a kertben szunyókál, majd éjszaka, mikor a könyvtár bezár, az apró bőregerek a sorok között suhannak és levadásszák azokat a kártevőket, amelyek megrongálhatják a különleges gyűjtemény darabjait. Ez a gyakorlat évszázadokra tekint vissza, valószínűleg már a könyvtár alapítása óta így vigyáznak a kötetekre. A dolog egyetlen hátránya a padlót, a bútorokat és a polcokat borító ürülékük. Ennek megakadályozására a dolgozók távozás előtt gondosan letakarják a bútorokat, reggel pedig kitakarítanak.
A könyvtár a kutatók, történészek és tudósok számára nyitva áll, ha "a kutatási területük indokolja, hogy hozzáférhessenek a gyűjteményhez." A látogatáshoz előzetes időpont-egyeztetés szükséges. Mivel a denevérek éjszaka vadásznak, így nem valószínű, hogy találkozni fogunk velük a nappali nyitvatartási időszakban.